L'Ordine è un "Ente di diritto pubblico" e i suoi provvedimenti hanno carattere di "atti amministrativi" sottratti al controllo esterno di legittimità.

L'Ordine è retto da un Consiglio, eletto triennalmente, di 7 membri tra i quali viene designato il Presidente. Il Consiglio è affiancato dal Collegio dei Revisori dei Conti, formato da 3 membri più un supplente, anch'esso di origine elettiva.
Il Presidente è configurato come il legale rappresentante dell'Ordine in tutti gli atti esterni, pertanto rilascia certificazioni ed attestati su richiesta degli iscritti, di privati cittadini, o di Enti Pubblici.

Gli Ordini Professionali sanitari furono creati fina dal 1910, ma vennero momentaneamente sospesi nel 1935 dal regime fascista e sostituiti da Sindacati di categoria in ossequio all'ordinamento corporativo allora in auge.
Alla fine del 1946 furono ripristinati con le norme attualmente in vigore. Dopo la creazione delle Regioni, allo scopo di costituire contatti con gli Assesorati alla Sanitˆ Regionali, è stata creata la Consulta Regionale, che vuole essere un organismo rappresentativo di tutti gli ordini professionali delle singole Provincie operanti a livello regionale.

L'Ordine ha il compito di:
- Compilare e tenere aggiornato l'albo professionale al quale devono essere iscritti i farmacisti per poter esercitare la professione.
- Esercitare il potere disciplinare nei confronti degli iscritti per garantire l'integrità morale e professionale dei singoli membri, nonchè far rispettare il codice deontologico che è un insieme di morme che il farmacista iscritto all'albo è tenuto a seguire nell'esercizio della professione, applicando quattro gradi di sanzioni che sono nell'ordine, avvertimento, censura, sospensione e radiazione dall'albo.
- Vigilare sulla propria indipendenza.
- Designare i propri rappresentanti presso commissioni, enti ed organizzazioni di carattere provinciale o comunale.
- Promuovere e favorire tutte le iniziative tese a facilitare il progresso culturale degli iscritti.
- Interporsi, se richiesto, nelle controversie tra iscritti o tra iscritti ed Enti.